La historia de Purificación como gran parte del departamento del Tolima es similar a la que conocemos sobre la destrucción de la nación Pijao y Panche que dio pasó al surgimiento del estado neogranadino por parte de los españoles que durante casi 70 años mediante la violencia exterminaron a los únicos que se opusieron al coloniaje. El Cacique Yaporox y su tribu, más las otras cercanas que habitaron esta parte del Tolima en el margen izquierdo del río de La Magdalena fueron diezmadas a sangre y fuego; y a principios del siglo XVII terminaron con la destrucción de una nación y cultura indígena de una región que fue descubierta por el conquistador Sebastián de Belalcázar en 1.538, y cuyos herederos terminaron esclavizados.
Don Juan de Borja, Caballero de la Orden de Santiago, en los primeros años del Siglo XVII , tras llegar a la Nueva Granada como presidente, capitán general de la Real Audiencia de Santafé de Bogotá en 1.605 a la edad de 42 años y durante 22 años hasta su muerte, y dentro de las muchas guerras que libró entre los años de 1.605 a 1.615 hizo la pacificación de la Confederación Pijao a sangre y fuego muy al estilo de su familia que estaba emparentada con los Borgias que se hicieron al poder de los católicos en su lucha por el papado en Roma, hizo gala de buen administrador para el imperio español, tanto así que en su mandato instaló en Cartagena de Indias El Santo Tribunal de la Inquisición, y extendió el cobro de las Alcabalas a otras poblaciones donde este tributo no se pagaba, fundando de paso La Casa de la Moneda del Nuevo Reino de Granada.
No es de extrañar que su fundador Diego de Ospina y Maldonado, hijo del también encomendero que fundó a Neiva don Diego Ospina y Medinilla gracias a los servicios prestados a don Juan de Borja en la colonización y derrota de Los Pijaos tras la muerte del Cacique Calarcá, no solo gobernara a una región por mas de tres generaciones, erigiera a la Villa de Purificación de Nuestra Señora el 25 de mayo de 1.664 sobre las ruinas del antiguo fuerte militar llamado Castillo de las Palmas construido por Borja en la guerra de exterminio de la nación Pijao, y donde antes estaba el Caney del Cacique Yaropox, cuya tribu desapareció en la meseta rocosa que hoy se conoce como El Plan, y que a orillas del río de "La Magdalena" en el siglo XIX logró su máximo apogeo debido a ser parte de toda la comunicación con el exterior que mediante el río hizo florecer el comercio en el interior del país en una región adonde las Ceibas centenarias son comunes en en toda su ribera.
Por esta razón en 1.831 fue capital de la Nueva Granada, y más tarde capital del estado del Tolima Grande hasta 1.864 en medio de las disputas regionales entre varias ciudades como El Guamo, Natagaima, Neiva y otras, por ser la capital del Estado, y después de la constitución de 1.886 ser una de las principales ciudades del departamento del Tolima.
Hoy por hoy esta ciudad se considera una de las más importante del Departamento con una población que en su subsuelo existe el famoso oro negro -El Petróleo- que ha ocasionado protestas entre los ciudadanos por la protección del medio ambiente. Más conocida también como el Valle de las Palmas en recuerdo de su origen y abolengo del cual hace parte por su escudo de armas otorgado por cédula real de Carlos II en 1.681.
